Državni institucionalni sistem Crne Gore obuhvata ukupno 20 posebnih organa: 13 agencija, šest fondova i jedan zavod. One obavljaju poslove koji zahtijevaju specijalizovana znanja i operativnu samostalnost, od regulacije tržišta i kontrole ključnih sektora, do sprovođenja socijalnih politika.  Riječ je o institucijama koje sprovode specijalizovane poslove u oblastima koje zahtijevaju stručnost i operativnu nezavisnost od ministarstava – od regulacije tržišta i infrastrukture, preko kontrole medija i finansijskih tokova, do zaštite osnovnih socijalnih prava građana. Po načinu finansiranja, kako se navodi u dokumentu Državne agencije i fondovi, koji je objavilo Ministarstvo javne uprave, sedam institucija finansira se isključivo iz državnog budžeta, osam koristi sopstvene prihode, dok pet kombinuje sopstvene izvore sa budžetskim sredstvima. Regulatorne agencije uglavnom se oslanjaju na naknade i dozvole koje ubiraju od privrede, dok fondovi i zavodi u najvećoj mjeri zavise od budžeta.

Agencije – regulatorna i kontrolna mreža države

Najveći dio sistema čine agencije, koje imaju ključnu ulogu u obezbjeđivanju stabilnog i fer funkcionisanja tržišta, kao i nadzora nad pojedinim sektorima.

Agencija za elektronske medije vrši nadzor nad radom emitera, izdaje dozvole, vodi registre i brine o primjeni zakonskih i regulatornih standarda u oblasti elektronskih medija. Finansira se kombinovano – dijelom iz budžeta, dijelom iz naknada emitera.

Agencija za elektronske komunikacije i poštansku djelatnost uređuje tržište telekomunikacija i poštanskih usluga, izdaje licence, sprovodi regulatorne mjere i obezbjeđuje konkurenciju u sektoru. Finansira se iz sopstvenih prihoda.

Agencija za civilno vazduhoplovstvo Crne Gore sprovodi nadzor i izdaje sertifikate i dozvole za aviokompanije i aerodrome, kontroliše bezbjednost letenja i standarde u civilnom vazduhoplovstvu. Finansira se iz sopstvenih prihoda, prvenstveno kroz naknade za dozvole i sertifikaciju.

Instutut za ljekove i medicinska sredstva vrši kontrolu kvaliteta i bezbjednosti lijekova, izdaje dozvole i vodi registre. Finansira se iz sopstvenih prihoda i budžeta.

Agencija za zaštitu konkurencije obavlja poslove vezane za sprečavanje monopola i nelojalne konkurencije, prati tržišna kretanja i odobrava koncentracije preduzeća. Finansira se kombinovano – iz budžeta i naknada.

Regulatorna agencija za energetiku i regulisane komunalne djelatnosti donosi regulatorne odluke i prati funkcionisanje tržišta električne energije, gasa, toplote i komunalnih djelatnosti. Finansira se iz naknada energetskih subjekata i drugih sopstvenih prihoda.

Agencija za mirno rješavanje radnih sporova nadležna je za posredovanje između zaposlenih i poslodavaca u cilju mirnog rješavanja radnih nesuglasica, čime se rasterećuje sudski sistem. Finansira se iz državnog budžeta.

Agencija za sprječavanje korupcije ima mandat da prati primjenu antikorupcijskih zakona, kontroliše imovinu javnih funkcionera i sprovodi mjere za sprečavanje sukoba interesa. Finansira se iz budžeta.

Agencija za nacionalnu bezbjednost obavlja poslove obavještajno-bezbjednosne prirode, uključujući zaštitu nacionalnih interesa i bezbjednosti države. Finansira se iz budžeta.

Agencija za kontrolu i obezbjeđenje kvaliteta visokog obrazovanja vrši akreditacije, reakreditacije i ocjenu kvaliteta visokoškolskih ustanova. Finansira se kombinovano.

Agencija za investicije Crne Gore ima zadatak da promoviše Crnu Goru kao investicionu destinaciju, podržava strane investitore i obezbjeđuje dozvole i saglasnosti za određene investicione projekte. Finansira se iz budžeta i sopstvenih prihoda.

Agencija za zaštitu ličnih podataka i slobodan pristup informacijama obavlja poslove nadzora nad obradom ličnih podataka i sprovođenja prava na pristup informacijama. Finansira se iz budžeta.

Agencija za nadzor osiguranja vrši nadzor nad radom društava za osiguranje i tržištem osiguranja. Finansira se iz sopstvenih prihoda.

Fondovi – stubovi socijalne i finansijske sigurnosti

Za razliku od agencija, fondovi imaju dominantno socijalnu i javnu funkciju, i u najvećoj mjeri se finansiraju iz budžeta, odnosno iz doprinosa i naknada koje prikuplja država.

Fond penzijskog i invalidskog osiguranja Crne Gore osigurava prava iz penzijskog i invalidskog osiguranja, uključujući obračun i isplatu penzija. Finansira se iz doprinosa i budžetskih transfera.

Fond za zdravstveno osiguranje Crne Gore obezbjeđuje zdravstvenu zaštitu osiguranika, pokriva troškove liječenja i sprovodi zdravstvenu politiku u okviru javnog sistema. Finansira se iz doprinosa i budžeta.

Fond rada obezbjeđuje isplatu naknada zaposlenima u slučaju stečaja poslodavca i druge obaveze propisane zakonom. Finansira se iz budžeta.

Fond za zaštitu depozita ima zadatak da obezbijedi garanciju za depozite građana i preduzeća u bankama, a u slučaju krize interveniše zajedno sa državom. Finansira se pretežno iz doprinosa banaka, uz mogućnost budžetske podrške.

Fond za zaštitu i ostvarivanje manjinskih prava podržava projekte kulturnog, jezičkog i identitetskog razvoja manjinskih naroda i drugih manjinskih zajednica. Finansira se iz budžeta.

Fond za obeštećenje obavlja poslove vezane za naknadu štete nastale u postupcima privatizacije i finansijskih malverzacija. Finansira se iz budžeta.

Zavod – ključna institucija na tržištu rada

Zavod za zapošljavanje Crne Gore je jedini zavod u sistemu i ima centralnu ulogu u sprovođenju aktivne politike zapošljavanja. Raspolaže sredstvima iz državnog budžeta koja koristi za programe podrške zapošljavanju, stručne obuke, prekvalifikacije i isplatu naknada nezaposlenima.

Ukupno 20 institucija – 13 agencija, šest fondova i jedan zavod – čini razgranatu mrežu specijalizovanih organa koja obavlja poslove važnije za funkcionisanje tržišta, zaštitu prava i sprovođenje socijalnih politika. Dok se pojedine agencije samofinansiraju kroz naknade i dozvole, najveći dio fondova i zavoda oslanja se na budžetska sredstva, čime imaju značajan uticaj na javne finansije i ekonomiju zemlje.